鹽酸司來吉蘭與部分藥同時服用，可能會引起某些嚴重的不良反應，對患者造成不良影響。因此，用藥前了解鹽酸司來吉蘭有哪些注意事項是十分必要的，建議在醫生的指導下用藥。
要留意本藥與間接擬交感神經藥相互作用所引起的理論上高血壓反應。治療帕金森病所用的本藥劑量與含酪胺食品同時服用未發現有高血壓反應。
鹽酸司來吉蘭與非選擇性單胺氧化酶抑制劑合用可能引起嚴重低血壓。同時與單胺氧化酶A抑制劑嗎氯貝胺服用并無耐藥問題的報告。但同期服用此類藥品（MAOA及MAOB抑制劑）及酪胺類物質（含酪胺食品，如發酵食品及飲料、芝士、香腸、腌肉類、野味、動物肝臟、牛肉湯、咸魚、豆類及豌豆、德國腌菜及酵母制品），會輕度增加高血壓反應。
由于鹽酸司來吉蘭與嗎氯貝胺同時服用文獻報導不詳，這兩種藥不能同時服用。有報告本藥與度冷丁有相互作用，由于有些相互作用可致命并且機理未被確定，所以應避免同時服用。
鹽酸司來吉蘭與氟西汀同時服用有報告產生嚴重反應，例如共濟失調、震顫、高熱、高/低血壓、驚厥、心悸、流汗、臉紅、眩暈及精神變化（激越、錯亂及幻覺），演變至譫妄及昏迷。
本藥與其他兩種5-羥色胺再攝取抑制劑舍曲林及帕羅西汀同時服用也有類似報導，并且相互作用機制并不清楚了解，這些藥物及本藥應避免同時服用。
由于氟西汀及其代謝產物的半衰期較長，氟西汀停藥最少5星期后才可開始服用本藥。本藥及其代謝產物半衰期短，停藥2星期后即可開始服用氟西汀。
在健康志愿者中，同時服用本藥及西酞普蘭無任何臨床，藥效學或藥物動力學的相互作用。不過，同時服用本藥及所有選擇性5-羥色胺再攝取抑制劑，如維拉法辛及氟伏沙明都要注意。
本藥及三環類抗抑郁藥同用時要小心，曾報告有嚴重中樞神經癥狀，有兒例出現高熱、震顫及激越的死亡報告。其他報告同時服用本藥及三環類抗抑郁藥的副反應有：高/低血壓、眩暈、出汗增加、震顫、抽搐、行為及精神改變。由于相互作用機理尚未清楚，同時服用這些藥物時要謹慎。
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