由于大部分用藥者存在有嚴重的疾病和同時并用許多其它藥物，常很難確定與免疫抑制藥物有關之不良反應。有證據顯示，下列許多藥物不良反應是可逆轉的，并且可經由劑量降低而改善。和靜脈給藥相比，口服給藥發生不良反應的頻率明顯地較低。下列藥物不良反應乃是依據身體系統及其發生頻率來編排的。
心血管系統-經常性：高血壓。偶發性：心絞痛、心悸、滲液（例如心包積液、胸膜積液）。罕見性：包含休克之低血壓、心電圖異常、心律失常、心房/心室纖顫以及心跳停止、血栓靜脈炎、出血（例如胃腸道、大腦）、心力衰竭、心臟擴大、心跳緩慢、心室和/或室間隔肥大（包括心肌?。?。特異性：血栓、栓塞（例如肺栓塞）、缺血（例如大腦）、梗塞（例如心肌、腎、腦）、昏厥、心包炎、血管疾病。
神經/感覺系統-經常性：震顫、頭痛、失眠、知覺失常、視覺失常（例如白內障、弱視）。偶發性：抑郁、神經病變、神經過敏、焦慮、緊張、情緒不穩、健忘、腦病變。罕見性：偏頭痛、精神混亂、昏眩、反應降低、嗜睡、幻覺、多夢及思維異常、激動、精神異常、青光眼、聽覺障礙（例如耳鳴、耳聾）、畏光。特異性：麻痹（例如四肢癱瘓）、昏迷、抽搐、遲鈍、言語失常（例如失語癥、發音障礙）、反射失常、敵意、視網膜病變、皮質性眼盲、味覺喪失。
腎臟-經常性：腎功能異常（如血肌酐升高、尿素氮及尿量的增加或減少）。偶發性：腎組織受損（如腎小管壞死）。罕見性：透析依賴性腎功能衰竭、蛋白尿、血尿、腎水腫。特異性：溶血性尿毒癥、腎小球病（腎小球炎、腎炎）。
消化系統-經常性：便秘、腹瀉、惡心。偶發性：膽管炎、嘔吐、肝功能異常、黃疸、體重及食欲改變、發炎性癥狀、胃腸道功能失常（例如消化不良）。罕見性：肝組織受損（例如硬化、壞死）、吐血、腸阻塞、腹水、吞咽困難。特異性：胰腺炎、肝腫大、肝衰竭、膽管變形。
代謝及電解質-經常性：高血鈣、高血糖、低血磷。偶發性：糖尿病、酸/堿平衡失調、血量過多癥、低血鉀、高尿酸血癥（包括痛風）、淀粉酶增加。罕見性：血液中鎂離子、鈣離子、蛋白質、鈉離子濃度降低；血中鈣離子、磷酸鹽濃度增加、脫水；高血脂癥、低血糖。特異性：高血鎂、肌酸磷酸激酶增加。
骨骼與肌肉-偶發性：抽筋。罕見性：骨質疏松。特異性：肌肉無力、缺血性骨壞死、關節炎、肌病變。
呼吸系統-偶發性：肺功能損傷（例如呼吸困難）、肺萎陷。罕見性：氣喘。特異性：呼吸衰竭、肺纖維化。皮膚-偶發性：脫毛、瘙癢、出汗、皮疹、光過敏。罕見性：男性女乳癥、多毛癥、蕁麻疹。特異性：紅斑（例如結節紅斑）。
血液及淋巴系統-經常性：白細胞增生。偶發性：白細胞減少、貧血（例如再生不良性、溶血性）。罕見性：血小板減少、脾腫大、嗜酸性白血球過多、血小板增多癥。特異性：凝血異常、骨髓抑制、血小板減少性紫癜。
其它-偶發性：不同器官系統（例如中樞神經、呼吸、心血管）水腫、局部疼痛（例如關節痛、神經痛、腹痛、胸痛）、無力、發燒。特異性大小便失禁、前列腺異常、甲狀腺及甲狀旁腺異常。惡性腫瘤-已知惡性腫瘤會發生在免疫抑制治療中。他克莫司治療中曾有特異性之病例被報告會發生良性及惡性腫瘤（例如淋巴及骨髓的上皮及間葉組織）。
自身免疫疾病-接受他克莫司的病患中曾有特異性病例發生自身免疫反應（例如血管炎、Lyell綜合征、Stevens-Johnson綜合征）。
過敏反應-使用他克莫司治療的特異性病例中有過敏反應及非抗體產生過敏性反應，例如發紅、瘙癢及非抗體產生過敏性休克等。
感染-如同其它的免疫抑制藥物，接受他克莫司治療的病患對病毒、細菌、霉菌和/或原蟲感染的可能性會增加。總體而言，接受他克莫司治療的病患常有報告發生感染。先前已存在的感染癥狀可能將會惡化。全身性（敗血癥）和局部性（膿腫、肺炎）感染皆可能發生。如果他克莫司和其它免疫抑制藥物一同給予時，過度免疫抑制的危險性將增加。